Perjalanan hingga berdirinya Jurusan Keteknikan Pertanian yang bernaung di bawah Fakultas Teknologi Pertanian cukup panjang. Pada tahun 1994 keluar SK Mendikbud RI Nomor: 0411/U/1994 yang mengubah nama PS MP menjadi PS. Teknik Pertanian (TEP). SK Mendikbud RI Nomor: 0411/U/1994 mengubah nama PS MP menjadi Teknik Pertanian dan diubah lagi menjadi PS Keteknikan Pertanian (TEP) pada tanggal 28 Desember 2009 sesuai SK nomor 419/SK/2009.
Pengembangan sumber daya manusia dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi diperlukan untuk meningkatkan daya saing industri nasional serta untuk merangsang penemuan-penemuan baru yang berguna untuk meningkatkan kesejahteraan bangsa, yang berdasarkan perjanjian AFTA 2003 Indonesia harus sudah siap bersaing secara global dengan negara-negara lain. Oleh karena itu untuk mengembangkan teknologi, dilakukan dengan mengembangkan ilmu-ilmu pengetahuan keteknikan yang diterapkan dalam usaha pertanian atau biosistem secara luas, yang disebut ”keteknikan pertanian dan biosistem” (agricultural and biosystem engineering), yang merupakan tonggak utama dalam menuju pertanian yang tangguh.
Tuntutan ini mendorong semua negara termasuk Indonesia meningkatkan jumlah dan mutu sumber daya manusia yang mempunyai kemampuan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK) di bidang ilmu keteknikan pertanian dan biosistem untuk dapat mengurangi ketergantungan akan bahan impor, agar memenangkan persaingan dalam mekanisme pasar bebas. Hal ini dapat dipenuhi melalui pendidikan lanjutan Program Magister Ilmu keteknikan Pertanian. Karena keteknikan pertanian memegang peranan penting dalam pengembangan agroindustri, terutama dalam permesinan dan proses hasil pertanian, dan pemanfaatan sumber daya alam dan energi, maka bidang yang akan dikembangkan meliputi bidang Teknik Mesin Agroindustri, Teknik Pengembangan Sumber Energi Terbarukan, Teknik Sumber Daya Alam dan Lingkungan, Teknik Bioproses dan Pasca Panen dan Manajemen Mekanisasi Pertanian.
Perguruan tinggi memiliki peranan strategis dalam memproduksi sumber daya manusia berkualitas tinggi sehingga perguruan tinggi juga dituntut untuk meningkatkan kualitas prasarana dan sarana yang dimilikinya. salah satu tolok ukur yang berdampak langsung tehadap output perguruan tinggi ialah jenjang pendidikan staf pengajar yang dimilikinya. Dengan demikian upaya studi lanjut untuk staf pengajar merupakan tuntutan yang tidak bisa ditunda-tunda lagi.
Melihat hal tersebut di atas, dibutuhkan Perguruan Tinggi yang mampu menciptakan dan menyiapkan kader-kader dan tenaga keteknikan pertanian yang mempunyai kapabilitas, kompetensi dan keahlian yang dibutuhkan dan dipersyaratkan di dunia nyata. Kebutuhan ini harus selaras dengan persyaratan yang diinginkan pihak-pihak pengguna/users.
Sejalan dengan usaha pemerintah untuk mengembangkan kualitas Sumber Daya Manusia (SDM) baik di sektor pemerintahan maupun di sektor swasta, maka Universitas Brawijaya Malang sebagai Lembaga Pendidikan Tinggi Negeri mengemban tugas melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi, berperan serta mendirikan program pascasarjana bidang ilmu keteknikan pertanian. Tujuannya adalah untuk menyiapkan peserta didik menjadi sarjana magister ilmu keteknikan pertanian anggota masyarakat termasuk tenaga birokrat dan tenaga swasta, yang mampu mengembangkan dan menggunakan ilmu pengetahuan dan teknologi untuk peningkatan efisiensi dan efektifitas tenaga kerja yang unggul dalam intelektualitas dan mampu bersaing di era globalisasi.
Oleh karena itu dibentuklah Magister Keteknikan Pertanian yang sebelumnya menjadi minat di dalam S2 Teknologi Industri Pertanian. Kemudian pada tahun 2013, S-2 Keteknikan Pertanian telah mendapatkan ijin operasional sesuai SK Mendikbud Nomor 499/E/O/2013, dan menjadi PS magister di bawah Jurusan Keteknikan Pertanian. Pada tanggal 6-7 November 2014, PS S2 TEP mendapat visitasi dari asesor BAN-PT dan sampai saat ini masih menunggu hasil visitasi tersebut yang menentukan akreditasi PS S2 Keteknikan Pertanian.